农业是人类文明的重要标志之一，河姆渡遗址人工栽培稻谷的发现掀起了稻作农业研究新篇章。

　　在河姆渡遗址两期发掘中，第四文化层上部大多发现灰、黄、白三色黏性细砂土，分别与稻谷、谷壳、稻叶和木屑等相间组成多层次连续堆积，每层间距2 ～ 10厘米不等，总厚度一般20 ～ 50厘米，最厚处超过100厘米。稻谷出土时色泽金黄，有的连谷壳上的稃毛、隆脉及芒刺都清晰可见。经鉴定属人工栽培水稻，并已有籼、粳之分，以籼型为主。河姆渡遗址稻谷遗存之丰富，保存之完好，年代之久远，在其它遗址发掘中是绝无仅有的。

　　与大量稻谷伴随出土有：翻土工具骨耜194件、木耜2 件及中耕农具木铲3 件、收割工具骨镰9 件和脱壳工具木杵2 件等；在遗址西北部的考古勘探中，发现第一和第二期文化分别有古水稻田遗迹。这说明河姆渡的稻作农业有一个完整的体系，已进入“耜耕农业”阶段。尽管后来在江西万年仙人洞和湖南道县玉蟾岩等遗址发现距今1 万年左右的人工栽培稻谷，但都不及河姆渡遗址丰富多样。近30年来，“河姆渡”几乎成了中国稻作农业的代名词。

　　虽然稻作农业在河姆渡已有重大发展，出土的陶釜底部经常能看到烧糊的锅巴。但研究认为稻米仍不是先民的主食，自然资料对河姆渡文化仍起支撑作用，农业在它发生的初始阶段仍未轻易取代采集——渔猎经济。河姆渡遗址背靠四明山麓，面向湖沼，当时气候温暖湿润，动植物资源丰富， “先民不会盲视更方便、更直接，攫取技术更为娴熟的取之不尽的野生资源”。先民还家养猪、狗和水牛等动物，以供宰杀食用。