跨湖桥遗址的建筑遗迹主要分布在遗址中心区。1990年发掘区揭示4处房址遗迹和多处相关的建筑遗迹，即灰坑、房址、墓葬、灰沟、柱洞及一些特殊建筑遗迹，还有用鹅卵石铺设村落道路的遗迹。从成排的柱洞及出土的“独木梯”分析，跨湖桥遗址以木构建筑为主要建筑形式。出土的少量榫卯残件及独木舟的制造技术分析，跨湖桥遗址已经具备了相应的木作技术。跨湖桥遗址发现以木桩立骨的土墙建筑，土墙内以30厘米间距埋设木桩，这一发现表明，土墙式建筑在比河姆渡架空式干栏建筑更早时已经存在了。